Latvijas Ārstu kongresu rīko Latvijas Ārstu biedrība un tā prezidents ir Latvijas Ārstu biedrības prezidents (Latvijas Ārstu biedrības prezidents kopš 1999.gada ir Linezera klīnikas direktors, profesors ķirurgs Viesturs Boka). Latvijas Ārstu biedrības valde deleģējusi kongresa rīkošanas darbus veikt Ārstu Kongresa fondam.

Rīcības komitejas priekšsēdētājs – ārsts Pēteris Apinis, finanšu direktors – ārsts Juris Viņķelis, sadarbību ar valsts un pašvaldību struktūrām koordinē Valdis Nagobads.

Kongresa satura pamatlīnijas nosaka Latvijas Ārstu biedrības valde, kas šīs funkcijas koordinēt deleģējusi Latvijas Ārstu biedrības viceprezidenti, Latvijas Zinātņu akadēmijas korespondētājlocekli, Rīgas Stradiņa universitātes profesori Ludmilu Vīksnu, kas veic kongresa Zinātnes un satura komitejas vadītāja pienākumus.